為有效貫徹所長負責制條例，堅持民主集中制原則，實施所長辦公會議制度是研究所制度建設的重要組成部分。所長辦公會議就所內重要事務，特別是涉及重要科研項目、重要人事安排、重大改革舉措、大額度資金使用等問題進行充分的研究論證，集體討論決策；通過實行例會制度，強化制度的權威性和嚴肅性，強化決策的科學化、民主化，逐步建立現代研究所管理機制，使研究所的管理行為公開、統一、協調，以促進研究所各項事業的發展。
一、議事范圍
1. 傳達、學習國家、中國科學院有關重要文件和重要會議精神；
2. 分析研究全所的形勢，討論提出研究所的發展戰略、發展規劃，科學發展計劃的主要任務及目標；
3. 討論決定全所的年度工作計劃和總結，需要向上級的請示和報告的重大事項，向全所發布的方針、政策、決定和規章制度等重要文件；
4. 討論決定機構的設置與調整，人才隊伍建設的實施步驟及人員調動；
5. 干部任免；
6. 財務預、決算的審議；
7. 重要資產(金)運作與管理；
8. 重大國際合作與交流事項；
9. 緊急與重大事件處理；
10.各部門提請所長辦公會議審定的重要議題；
11.其他需要所長辦公會討論決定的重要事宜。
二、議事規則
1. 所長辦公會議原則上每月舉行一次。特殊情況除外。
2. 參加所長辦公會議的成員：所長、副所長、所長助理。綜合辦公室主任或副主任負責記錄，根據需要，所長可指定相關人員列席會議。
3. 所長辦公會議由所長主持。所長離所期間由所長委托其他副所長召集并主持會議。
4. 所長辦公會議必須有半數以上所長辦公會議成員到會方能舉行。不能出席會議的成員如對討論決定的議題有意見或建議，可在會議召開前向有關所領導提出。
三、會議準備
所長辦公會議的議題由所班子成員溝通后確定，凡提請會議討論的事項，均需做好會前準備。需以研究所名義印發的重要文件，要在會前形成討論稿；屬全局性的重要決策，須先經過論證，并提出可行性方案與可操作的措施。
2. 屬于臨時性的重要議題由所長確定議事范圍。
3. 對于重大議題則在所長辦公會議召開的前三天，把議題內容分送給各位所領導，以保證決策前的充分醞釀。
4. 涉及多個部門的議題，須先同有關部門會商，做好調研、備好材料，并形成初步意見。
5. 所長可根據議題的急緩程度確定會議時間。
四、會議落實
1. 每次所長辦公會議記錄均要存檔。
2. 所長辦公會議的內容，經會議決定，可在一定范圍內通報。會議的重要事項可根據會議的決定以《會議紀要》或其他文件的形式印發所屬各部門。
3. 會議決定事項公布后，由所長指派相關部門和人員組織實施，辦公室主任負責檢查督辦，并及時向所領導匯報落實情況。
